大肠杆菌菌株基因型是选择感受态时的一个重要概念，关系到某个菌株是否能在特定培养基上生长，是否可用于特定的基因类型的转化，以及是否与克隆策略相匹配。

基因型包含了一个菌株所含有的基因、突变类型、等位基因数、抗生素抗性、插入、融合、反转、缺失、含质粒等信息。

基因

在大肠杆菌中，基因型中列出的仅包含了失去功能突变的基因。基因名字以小写、斜体三字母表示，如dam表示DNA甲基化酶。影响相同功能或代谢通路的基因以额外的大写、斜体字母加以区分。GalE和GalK即是一个编码相同代谢途径中蛋白的基因的一个离子。

galE编码UDP-galactose-4-epimerase，作用为催化UDP-Gal转化为UDP-Glucose。突变会影响Galactose代谢。

galK: 基因编码Galactokinase，催化Galactose磷酸化为Galactose-1-磷酸。突变会缺乏Galactose代谢。

在同一个基因的不同突变中，或者等位基因突变，会加入数字以提示突变（等位基因）。

glnV44:谷氨酰胺插入突变，等位基因44。

小写、上标的q表示组成型突变。

lacI^q:lacI启动子的-35区突变，GCGCAA变为GTGCAA，导致组成型表达lac阻遏物而抑制lac启动子，当lac操纵子存在时候特别有用。

插入

可移动元件具有其自身的移动与插入宿主DNA内的机制。转座子插入一个已知基因时，以“基因：：转子座子名”表示。

cysC95::Tn10:Tn10插入到cysC基因内，突变的等位基因号为95。

常规转座子以

Tn10:携带四环素抗性

Tn5：携带卡那霉素抗性 表示

缺失

特定基因的缺失以“德尔塔”基因名表示。如果缺失多个基因，则以德尔塔（基因1-基因2）表示基因1区域内，包含基因2的区域缺失。

leuA：leuA缺失

（lac-proAB）：lac操纵子区域缺失，基因proA和proB也在该缺失范围内。

融合

常以φ（融合元件1-融合元件2）便是，或者简单表示（：），或以短横线“-”表示。

如（gntK-lacZ）,φ（gntK-lacZ），gntK：lacZ都表示gntK与lacZ融合。

反转

基因组中的片段反转，以INV（基因-基因）表示。

质粒

菌株中包含特定质粒也表现在基因型内。F质粒也被称为生长因子，或性因子，这个质粒携带有可让质粒从不同细胞穿梭的基因。

F+:表示细菌带有F质粒，但是质粒没有插入基因组内。

F-:表示细菌不带F质粒。

F`[ ]:在此情况下，F质粒插入细菌基因组中，然后通过切割，再次恢复为独立的质粒。然而在切割过程中，细菌的一些基因序列会随着F质粒序列一起切下。这个情况表示F质粒独立于细菌基因组之外，并携带有细菌的基因，这些基因特异的以中括号标明出来。

Hfr：具有高重组率。表示F质粒已经插入到细菌基因组中。

噬菌体

噬菌体可以感染细菌，并将自身基因组整合到细菌基因组内（溶源模式）或者称为独立于基因组外的质粒。

φ80：菌株携带噬菌体φ80，识别FhuA 受体，允许与E. coli细胞膜结合。

P1:表示携带P1噬菌体。表达P1限制系统。

P2:表示携带P2噬菌体。见于革兰氏阴性菌中。在λ red重组介导的基因工程系统中中，对Red+Gam+λ筛选特别有用。

限制-修饰系统

E. coli具有限制-修饰系统以保护其免受外源DNA的侵害。

基因hsdR，hsdM和hsdS基因编码一个EcoKI的限制修饰系统，对在序列5`-AACN6GTGC-3序列未甲基化的DNA会降解。

rB/K（^+/-）:r代表限制系统，菌株会以大写的B/K区分。加减表示是否有限制系统。

mB/K^（+/-）:m表示甲基化修饰系统，菌株以(+/-)表示甲基化系统的有无。

另一方面，mcrA，mcrBC，mrr是不同的限制-修饰系统的组成部分，当甲基化的DNA存在时，限制（消化）就会进行。

其他基因型标记

抗生素抗性：以两个字母或三字母加R表示，如Amp^R，Ap^R表示氨苄青霉素抗性，Kan^R，Km^R表示卡那霉素抗性。